辽东苑马寺进行了改革，打破了苑马寺原不设定额的旧制，并且把明初规定的实行苑马军人进行官牧养殖的办法完全转变为余丁进行民养。
以当时的情况而言，这种责任到户、均摊赔补的措施是符合辽东苑马寺的实际情况的。
但是这种将官牧转变为民养的办法，从根本上来讲，就是把养马的劳务和负担全部转嫁到百姓身上。
从此苑马寺马匹牧养形式由集中管理转变为分散牧饲，原来军士放牧之荒地与军余佃种之熟地之间的界限完全被打破，草场使用不再受到苑马寺控制，官牧草场数额急剧减少。
历史上苑马寺完全颓败的节点是在天启元年。
当时明朝在辽东的军事重地沈阳、辽阳被后金攻破，位于辽河以东之地的苑马寺所属一监二苑及苑马寺卿所辖之地尽被后金占领，辽东苑马寺自此消失在明末辽东战场，辽东再无苑马寺孳牧之马。
“苑马寺受辽东巡抚节制，在边务上自是说不上甚么话。”
努尔哈齐道，
“可如今苑马寺马政衰颓，辽东军马之费均由太仆寺拨给，皇上此番清查太仆寺，便一定会涉及苑马寺。”
“辽东马匹倒损、草场锐减，尚可以推责于冯时雍改革，可其余诸地……”
李成梁接口道，
“官马民牧是祖制，其余诸地，总不能推责于太祖皇帝与成祖皇帝罢？”
辽东战马的供应问题与苑马寺的兴衰可谓是息息相关。
正德以后，辽东马匹时常求助于太仆寺下拨马匹或马价。
在嘉靖三十一年以前，明廷向辽东主要拨付的是马匹，即本色，并且给付的马价银也并无规定必须为买马之费。
而到了嘉靖三十一年以后，太仆寺开始直接拨付马价银给辽东各卫所并规定专门用于马匹购买。
自此之后，中央财政完全承担了补给辽东军马之费。
由于辽东马匹缺乏严重，到了万历初期，太仆寺每年向辽东支付一次金额相对固定的年例马价银，专门用于购马之费用。
到了晚明，辽东马匹多仰仗于太仆寺下拨马价银以应急，辽东边方马匹越来越依赖于太仆寺马价银的供给，从而出现明朝财政严重不支之窘况频繁发生。
所以一旦清查太仆寺，就一定会涉及辽东苑马寺，太仆寺每年支边的军马之费如此高昂，就是因为辽东苑马寺已无法发挥其补给辽东战马的功能。
小鞑子要钻的空子就在这里，太仆寺和苑马寺在行政上不是一个系统，但在经济上却无时不刻地起着帮扶作用。
努尔哈齐扬唇一笑，
“确是祖制，如今执行有碍，无非是因为皇亲国戚为一己私利，过度侵蚀草场之缘故。”
“依儿子看，要论起重振马政，父亲可比那些皇亲国戚有用得多了。”
李成梁看了努尔哈齐一眼，道，
“马政之弊，人人可见，侵蚀草场的皇亲国戚，又不止一家一户，我若是另行上疏，岂非太过惹眼？”
努尔哈齐道，
“父亲不必将矛头直接指向皇亲国戚，只说牧军负担过重，逋逃日众，此为辽东民生之象，何来惹眼之说？”
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