《暧暧内含光》是一部带有科幻色彩的爱情影片，同样是一部讨论爱情哲学的剧情片。
说它是爱情片，是因为它是以爱情，婚姻，家庭为主要内容的故事片。说它是科幻片，是因为它是以“修改记忆”这一尚未揭示的科学原理为基本依据，加以想象，在营造的幻想虚拟世界中展现某一戏剧事件的影片。
整部电影带在科幻色彩的包装下，在大的回环式结构下，运用时空混乱、情节破碎的非线性叙事结构将对爱情的探讨层层推进，大致可以分为序幕、开端、发展、高潮、结局、尾声六个部分。
非线性叙事结构，不同于三幕式和五幕式线性叙事结构，它打破和解除了电影的单一时间向度，使时间片段不再完整，甚至产生前后完全颠倒的效果。
而基于现实的因果关系情节、事件情节和动作被非现实的主观心理逻辑取代。
这部电影最为人津津乐道的是其复杂破碎的叙事结构、古典超现实主义的摄影风格和影片色调的一些应用。
序幕——暗示背景：
电影开头的前十七分钟，通过倒叙的方式把故事结尾的一部分放到了影片最开始，描述了张北和林秋再次相遇的过程，男女主角在命运的安排下都乘上了去往滨海的火车，张北对陌生的林秋心有好感，而女主也大方地主动和他搭讪。
开头的序幕实际上暗示了两人曾相识的背景。
接下来时交代背景——故事的开始：
序幕之后，故事一转，从张北自“空白读档公司”咨询回来的那天夜晚，也就是他即将删除记忆之前开始。在这一部分中，主要故事顺序推进，并通过插叙交代已经做完手术的林秋全然不认识张北，张北一怒之下找到“空白读档公司”的过程。
这一部分的结构处理交代了张北同样选择去做记忆清除手术的背景原因，也为后续情节的发展做了铺垫。
紧接着就是故事的发展阶段——主要回溯张北和林秋的交往经历：
在解释张北去咨询记忆清除的原委之后，主要情节仍然顺序推进，开始讲述张北准备手术和手术进行的过程，同时又在清除记忆的过程中回溯两人的交往经历，包括恋爱过程中种种矛盾的产生，这个阶段对爱情的多元刻画层层深入，从而明确两人爱情裂缝产生的原因。
在这个阶段，次要人物关系例如博士李明诚和钟雪、孙海平与钟雪、刘杰和林秋的关系也浮现了出来。
另外，张北这一回忆过程和现实中的手术进程的相互交错又是通过插叙来完成的。所以总结来说，这段顺叙了张北手术过程，插叙了男女主角的恋爱回忆，而这些回忆又是以倒叙为逻辑讲述的。
接下来就是故事的高·潮阶段——双层嵌套：
现实中正在进行手术的张北处于第一层结构中，潜意识记忆中的张北属于第二层结构，因为手术设备技术原因导致的失误将张北从自己的潜意识拉回到现实，即又回到第一层结构。
张北不断地在现实和潜意识的双层结构里相互转换，即现实与回忆两层结构相互插叙，层层相套，一步步渲染张北在回忆自己与林秋的感情后想要中断手术的悔恨之情，并通过回忆的推进将故事推向高潮，也为两人的再次相遇做铺垫。
最后阶段就到了故事的结局——解决矛盾：
张北意识删除前的最后回忆是林秋让他再次回到他们最初相遇的地方——滨海，此处照应开头序幕部分的倒叙，解释为什么张北会无缘无故翘班去滨海。同时也暗示了后面的结局，解释两人再次相遇后的发展和矛盾的解决。
两人在火车相遇之后，又有了浪漫的冰上约会，张北开车送林秋回自己家的路上，林秋意外收到了一封来信，她在车内播放了信封中的录音带，录音带里是林秋在“空白读档公司”里倾吐对于张北的厌恶。
而很快张北也收到了同样的信封，里面的录音带里是他曾经对林秋的恶评。
林秋无法忍受录音带里张北对她的羞辱，转身离开，张北冲出房门追上她。林秋觉得即使重新相爱一次，对方依然会因为她的浑身缺点而觉得乏味和不自由。
但张北耸耸肩说了声“好吧”，似乎他也
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